火堿消毒效果很好。其2%-4%的溶液可殺死繁衍型細菌和病毒，10%的溶液在24小時內可殺死結核桿菌，30%的溶液在10分鐘內可殺死炭疽芽孢。因此，火堿常用于雞白痢、雞瘟、鴨瘟、禽霍亂、豬丹毒、豬瘟、牛流感、結核病、布氏桿菌病、口蹄疫等傳染病的消毒。一般用2%-4%的溶液對飼養場、肉聯廠等的地面、畜舍、木制用具、運畜禽車輛等進行消毒。其溶液加熱后運用，可進步消毒效果;加入10%的食鹽，可增強殺滅芽孢的效力。
在運用火堿消毒時要注意：火堿對皮膚和器官有灼傷效果，不行用做畜體消毒，消毒時應將畜禽趕到舍外;進行消毒操作的人員，要注意自我防護，以免灼傷皮膚�；饓A對紡織品、鋁制品有腐蝕效果，此類用品不行用該藥消毒。運輸畜禽的汽車、船舶用火堿溶液消毒后6小時-12小時，再用清水將消毒液沖洗掉，以免受到腐蝕和損壞。
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